■ 组织结构
       研究院实行理事会领导下的院长负责制。理事会成员现有11名，院长1名、副院长2名。研究院设有学术委员会、办公室、科研中心、培训中心、编辑部、县域论坛（鳌山论坛、中国县域发展论坛）、专题研究中心（新结构经济学与产业转型升级研究中心、县域法治研究中心、PPP研究中心）、中国县域数据库CCBD、中澳区域经济与社会发展研究中心、相关县域工作站。

■ 运行机制
       研究院是直属山东大学的科研机构，共有15个专职科研人员和研究助理事业编制。研究院在院长的组织下开展工作，充当县域发展“智库”，以及山东大学与各个县开展产学研合作的纽带和桥梁。研究工作分为常规研究和专项委托研究。常规研究在学术委员会的指导下，围绕全国县域发展中的重要问题制订相关研究方向和研究计划。专项委托研究主要根据委托方的具体需求提供相应的科学研究服务，包括各种与县域发展相关的专项课题和业务咨询等。此外，研究院还是一个开放的协同创新平台，以课题研究为纽带，依托山东大学学术资源，整合国内外学术资源，组建包括县域产业升级和结构转型、农村土地制度改革、新兴城镇化规划、县域法治、县域金融、政治与公共管理、农业现代化、生态与环境治理、文化事业与文化产业等涵盖经济学、管理学、法学、社会学、政治学、心理学、教育学等学科的研究队伍和专家库，针对具体的研究问题，组织专家协同创新和集成攻关。
       研究院的学术委员会成员由国内外一流专家学者担任，他们设定研究院的学术发展目标，提供相应的学术指导。研究院的研究人员分为专职人员、兼职人员和特邀人员。专职人员是研究院的骨干人员，占有山东大学编制。兼职人员主要依托山东大学人文社科科研队伍以及全国其他高校、科研院所中从事县域研究的专家学者。特邀人员包括政府部门、高校以及各企事业单位中关注县域发展的杰出人士。根据发展需要，研究院采用灵活的方式聘任研究人员。